Posláním Českého muzea hudby je soustavné shromažďování, uchovávání a zpřístupňování pramenů hudební kultury v širokých souvislostech na území Čech v období od středověku do současnosti, stejně jako předmětů dokládajících hudební aktivity osob či institucí pocházejících z Čech v zahraničí a recepce jejich tvorby nebo činnosti.
Cílem je také uchovat a rozvíjet postavení muzea jako největšího a nejvýznamnějšího hudebněhistorického pracoviště tohoto typu v České republice, které je uznáváno i v zahraničí.
Již od počátku založení Národního muzea v roce 1818 byly sbírány hudebniny a hudební nástroje, jednalo se však pouze o sběr doplňkový a neexistovala samostatná hudební sbírka. Přestože sbírky hudební povahy již v 19. století zásadně narůstaly, samostatné hudební oddělení se podařilo založit až v roce 1946. Základem se stala sbírka hudebnin oddělená od Knihovny Národního muzea a sbírka hudebních nástrojů vyčleněná z oddělení historické archeologie. V roce 1947 byl stanoven na základě nejnovějších trendů hudební vědy nový sbírkotvorný program, který je v zásadě funkční do současnosti. Většina sbírkových fondů vznikla v této době – ke sbírce hudebních nástrojů a notovému archivu přibyl fond nenotových rukopisů, fond hudební ikonografie, sbírka libret, knihovna, tisková dokumentace (programy, plakáty apod.). Teprve v 60. letech byla založena fonotéka a v polovině 80. let vznikl fond pozůstalostí. V roce 1976 bylo založeno Muzeum české hudby – ke stávajícímu hudebnímu oddělení byla připojena monografická muzea Bedřicha Smetany a Antonína Dvořáka, jež byla do této doby provozována na spolkovém základě. V roce 2001 se Muzeum české hudby přejmenovalo na České muzeum hudby – změna názvu totiž lépe vystihuje sbírkotvorný princip muzea. V roce 2008 ke stávající struktuře přibylo Centrum pro dokumentaci populární hudby a nových médií.
Prvním sídlem samostatného hudebního oddělení se v roce 1950 stal Velkopřevorský palác na Malé Straně, kde byla také v roce 1954 otevřena rozsáhlá a systematická expozice hudebních nástrojů.
Tento palác byl však v rámci restitučního řízení na počátku 90. let vrácen původnímu majiteli.
Nové sídlo získalo České muzeum hudby v bývalém dominikánském kostele sv. Máří Magdalény na Malé Straně. Pro potřeby Českého muzea hudby byl kompletně zrekonstruován – vznikly zde rozsáhlé expoziční prostory, depozitáře, pracovny a studovna. Nový objekt muzea s expozicí hudebních nástrojů byl pro veřejnost otevřen 22. 11. 2004.
O více než 250 000 sbírkových předmětů pečuje muzeum ve vlastních restaurátorských dílnách a pro oblast hudebních nástrojů je přední institucí – provozuje Metodické centrum dokumentace, konzervace a restaurování hudebních nástrojů.
Dvorana a konferenční sál slouží ke koncertům profesionálních a amatérských hudebníků, pro konference, nejrůznější společenské akce, či různé doprovodné programy ke stálé expozici a výstavám.
Muzeum buduje nové kapacity mimopražských depozitářů, které poskytnou stále se rozšiřujícím sbírkám vhodné podmínky pro dlouhodobé uchování.
