Lichenologická sbírka v Národním muzeu byla sice budována již od samého otevření muzea, ale až s nástupem Edvina Bayera na pozici kustoda botanického oddělení v roce 1902 dostala jasný řád. Edvin Bayer byl po otci vášnivým lichenologem a popularizátorem tohoto oboru. Lichenologická podsbírka obsahuje sběry většiny rakousko-uherských a posléze českých lichenologů či polyhistorů své doby. Jedná se o jména jako L. J. Čelakovský, P. M. Opiz, Eugen Eitner, J. Flotow, Josef Anders, Alfred Hilitzer, Gustav Körber, Filip Kovář, Josef Nádvorník, Josef Podpěra, Bertold Stein.

Válečný konfiskát části lišejníkového herbáře Oscara Klementa je také uložen v PRM. Po druhé světové válce se sbírka začala rozrůstat i díky nákupům celých sbírek. Po smrti slavných českých lichenologů, Miroslava Servíta a Jindřicha Suzy byly jejich rozsáhlé sbírky zakoupeny Národním muzeem a podobným způsobem byla sbírka obohacena i o herbář Václava Kuťáka. Těmito dnes již téměř nemyslitelnými nákupy se lichenologická sbírka o celou polovinu rozrostla a v současnosti čítá přes 100 000 herbářových dokladů. K této kolekci se řadí i typová sbírka lišejníků, která čítá okolo 2000 položek. I díky typové sbírce je herbář PRM velmi známý jak mezi českými tak mezi zahraničními badateli a často při popisování nových druhů jsou typové položky posílány do typových sbírek Přírodovědného muzea.

Největší tvůrce exsikátových sbírek a asi i nejznámější český lichenolog Antonín Vězda, který vydal jeden malý (Lichenes bohemoslovakie exsiccati – 1957–1959) a dva velké exsikáty: „Lichenes selecti exsiccati“ (1960–1991, 2500 položek – tzn. zatím nejobsáhlejší exsikát na světě), „Lichenes rariores exsiccati“ (1992–2003, 500 položek), má všechny tyto rozsáhlé exsikátové sbírky uloženy v depozitářích NM. Mezi další exsikátové sbírky, kterými disponuje PRM je Reichenbach et Schubert z roku 1822 a nekompletní fascikl Friesova exsikátu z roku 1818. Santesson – Fungi Lichenicoli (1986), Pišút – Lichenes Slovakiae (1964).