- Odbor Kancelář generálního ředitele
- Odbor ekonomického náměstka
- Odbor provozního náměstka
- Odbor náměstka pro centrální sbírkotvornou a výstavní činnost
- Odbor náměstka pro investiční rozvoj
- Odbor digitalizace a informačních systémů
Organizační struktura
- Ředitelství Národního muzea
- Odbor Kancelář generálního ředitele
- Odbor ekonomického náměstka
- Odbor provozního náměstka
- Odbor náměstka pro centrální sbírkotvornou a výstavní činnost
- Odbor náměstka pro investiční rozvoj
- Odbor digitalizace a informačních systémů
- Přírodovědecké muzeum
- Historické muzeum
- Knihovna Národního muzea
- České muzeum hudby
- Náprstkovo muzeum asijských, afrických a amerických kultur