Veškerý fotografický materiál náležící Náprstkově muzeu je rozdělen do těchto sbírek:
Sbírka historických fotografií
Samotná sbírka byla založena v roce 1861 spolu se vznikem Náprstkovy knihovny. Její obsah se sestává zejména z fotografií, které sem byly darovány z okruhu přátel Vojty Náprstka, cestovatelů, fotografů a českých krajanů v zahraničí. Mezi nejvíce zastoupené autory například patří Hynek Fidler, František Řehoř, Jindřich Eckert, Jan Mulač a Josef Wünch. Součástí této sbírky je i rozsáhlá sbírka stereoskopů, kterou systematicky budoval Vojta Náprstek. V této podsbírce se nachází přes 8 500 snímků.
Sbírka vznikala výběrem z fotografického materiálu, který byl evidován od 50.let 20. století, jako pomocný materiál. Hlavními původci fotografií jsou Enrique Stanko Vráz, Václav Šolc, Bedřich Machulka, Věra Šťovíčková, Viktor Mussik a Josef Ladislav Erben. Skoro zbylých 50% sbírky pak tvoří drobní původci. V roce 2002 byla sbírka zapsána do Centrální evidence sbírek.
Sbírka byla založena po smrti Vojty Náprstka v roce 1894 a později se rozšiřovala. Do 90. let 20. století byla součástí Knihovny Náprstkova muzea. Jejím obsahem jsou především trojrozměrné předměty, ale také obrazy, grafika a fotografie.
Archiv Náprstkova muzea
V rámci uložených archivních fondů lze nalézt rozsáhlý fotografický materiál. Krom alb a jednotlivých fotografií, uchovávají archivní fondy taktéž negativy a diapozitivy. Tento materiál je rovněž dohledatelný pomocí provizorních soupisů.
Knihovna Náprstkova muzea
Stejně jako Archiv NpM, uchovává i Knihovna Náprstkova muzea různorodý fotografický materiál. Původ tohoto materiálu je především v darech. V současné době sbírka prochází spravováním a prvotní dokumentací.