Vědecké zaměření:
- pozdní paleolit a mezolit Čech, nejvíce jejich okrajové regiony, příležitostně i kamenné industrie mladších období
Výzkumné projekty:
- účast na projektu „Vliv člověka na krajinu v oblasti Šumavy“ (Národní park Šumava, hlavní řešitel K. Čuláková, 2014–2015)
- „Možnosti studia mezolitického osídlení Karlovarska“ (Grantová agentura UK 2016–2017)
- „Nové impulzy k poznání pozdního paleolitu a mezolitu severozápadních Čech“ (Interní grant NM, 2019–2020)
Spolupráce na výstavách:
- spoluautor výstavy „Poohří za časů lovců a sběračů“ (Cheb, Karlovy Vary, Sokolov 2018–2020)
Výběrová bibliografie:
- Fröhlich, J. – Eigner, J. 2010: Nově objevená eneolitická výšinná sídliště v oblasti Orlické přehrady. Příspěvek k eneolitickému osídlení podél středního toku Vltavy. Archeologie ve středních Čechách 14, 29–49.
- Šída, P. – Eigner, J. – Fröhlich, J. – Moravcová, M. – Franzeová, D. 2011: Doba kamenná v povodí horní Otavy. České Budějovice – Plzeň.
- Eigner, J. – Metlička, M. – Řezáč, M. – Trnka, R. 2014: Paleolitické a mezolitické osídlení v povodí říčky Třemošné na severním Plzeňsku. Archeologie ve středních Čechách 18, 7–32.
- Eigner, J. – Řezáč, M. 2014: Chronologická hodnota trapézů v českém mezolitu. Archeologie ve středních Čechách 18, 471–488.
- Eigner, J. – Bartík, J. – Petr, L. 2015: Předneolitické osídlení horního Pojihlaví. K nálezovému potenciálu Českomoravské vrchoviny, Acta Musei Moraviae-Scientiae sociales 100/1, 33–95.
- Eigner, J. – Bartík, J. 2016: Der Erkenntnisstand des Mesolithikums in Mähren. In: Gerken, K. – Gross, D. – Hesse, S. (Hrsg.), Neue Forschungen zum Mesolithikum. Archäologische Berichte des Landkreises Rotenburg (Wümme), Band 20. Oldenburg, 69–90.
- Eigner, J. – Dobeš, M. – Přichystal, A. 2017: Časný a starší eneolit Kadaňska a horního Poohří pohledem kamenné industrie. Archeologie ve středních Čechách 22, 577–615.
- Eigner, J. – Prekop, F. 2018: Dvory 1 a Rybáře 2. Dvě mezolitické lokality na Karlovarsku. Archeologie západních Čech 9/1, 7–28.
- Moník, M. – Eigner, J. 2019: Raw material distribution in the Late Palaeolithic of Bohemia and Moravia. In: Eriksen, B. V. – Rensink, E. – Harris, S. (eds.), The Final Palaeolithic of Northern Eurasia. Proceedings of the Amersfoort, Schleswig and Burgos UISPP Commission Meetings. Schriften des Museums für Archäologie Schloss Gottorf, Ergänzungsreihe, Band 13. Schleswig, 247–256.
- Eigner, J. – Lička, M. – Přichystal, A. – Vencl, S. – Žák, K. 2020: Výzkum gravettského a neolitického sídliště v Řevnicích, okr. Praha-západ. Archeologie ve středních Čechách 24, 33–63.
- Kapustka, K. – Eigner, J. – Parkman, M. – Řezáč, M. – Přichystal, A. – Pokorný, P. – Lisá, L. – Ptáková, M. – Světlík, I. – Kočárová, R. – Metlička, M. – Koštová, N. (v tisku): Pozdně paleolitické a mezolitické osídlení Šumavy: možnosti výzkumu, datování a interpretace. Památky archeologické 111.