Základ sbírek z Austrálie tvoří soubory získané v období od 2. poloviny 19. století do 1. světové války. Jsou v nich především předměty každodenní potřeby z Queenslandu, Nového Jižního Walesu a Viktorie, zastoupeny jsou však i ukázky aboriginského umění. Mezi nejvýznamnější sběratele z tohoto období patří Jiří Daneš či Josef Ladislav Erben. Větší soubor ze 60. let vznikl díky výzkumnému pobytu Stanislava Novotného v Arnhemské zemi. Z melanéských sbírek stojí za pozornost předměty dokumentující kulturní pestrost ostrova Nová Guinea, ale také velmi zajímavé práce z Nového Irska, Nové Kaledonie či Šalamounových ostrovů. Ze sběratelů můžeme vyzdvihnout Enrique Stanko Vráze, námořníky Eduarda Kittela, Václava Stejskala a Karla z Adamovičů nebo opět Jiřího Daneše. Fond uchovává rovněž předměty z Polynésie a Mikronésie, které upoutají pozoruhodným a vynalézavým využitím materiálů, které byly v ostrovním prostředí mnohdy omezené. Vynikající celek tvoří kolekce shromážděná proslulým malířem Bohumírem Lindauerem (a zprostředkovaná neméně proslulým učitelem a cestovatelem Josefem Kořenským) mezi Maory na Novém Zélandu. Vedle etnografických předmětů vlastní Náprstkovo muzeum také dva Lindauerovy portréty Maorů, jediné ve veřejných sbírkách v České republice.