Archiv Národního muzea byl jako samostatné oddělení Národního muzea zřízen na návrh Františka Palackého k 1. březnu 1846, kdy se jeho vedení ujal první muzejní archivář Karel Jaromír Erben. Za více než 160 let své dosavadní existence nashromáždil unikátní a rozmanité archivní fondy a sbírky. Od roku 1920, kdy převzal první část muzejní úřední registratury, plní Archiv Národního muzea také úlohu podnikového archivu Národního muzea – má metodický dohled na fungování spisové služby Národního muzea a provádění pravidelných skartací. Podobně mu přísluší i metodický dohled na evidenci archiválií v ostatních odděleních Národního muzea.
Kromě muzejní registratury je možné fondy a sbírky Archivu Národního muzea rozdělit do několika základních tematických celků:
Jako samostatný referát náleží k archivnímu úseku NM také Archiv dějin tělesné výchovy a sportu a referát spisové služby. Původní historické sbírky (pergameny, patenty, rukopisy, sbírky topografické, heraldické, genealogické a sfragistické) vznikaly postupně od samého počátku existence Muzea až do přelomu 19. a 20. století, kdy je do současné podoby setřídil archivář Václav Schulz. Jejich vývoj je v podstatě ukončen, doplňují se jen náhodně získanými jednotlivinami.
Hlavním zaměřením Archivu NM je získávání osobních fondů pracovníků Národního muzea, vědeckých a odborných pracovníků nejrůznějších oborů i dalších veřejně činných osob a jejich postupná inventarizace. Osobní pozůstalosti přicházely do Archivu Národního muzea také už ve starší době, prvním velkým fondem byl r. 1830 rodinný archiv Šternberk-Manderscheid, o sto let později (1930) získal Karel Stloukal soubor pozůstalostí Palackých, Riegrů a spřízněných rodin. Cílené zaměření archivu na získávání osobních fondů významných osobností politiky, vědy, veřejného i kulturního života se datuje od působení Aleše Chalupy (1959–1989).
Dalším zájmem je získávání a postupná inventarizace dokumentačních sbírek k dějinám 19. a 20. století s důrazem na sbírky fotografické. Zájem o dokumentaci současnosti stále roste a tím i význam dokumentační sbírek, s jejichž systematickým shromažďováním v Archivu NM začal již ve 30. letech 20. století Jaroslav Charvát a pokračoval Aleš Chalupa.
V archivu jsou uloženy také archivní fondy a sbírky písemné i nepísemné povahy, které vznikly díky soustavným badatelským a akvizičním aktivitám jeho dlouholetého vedoucího prof. Viléma Prečana a darům osobností československého disentu a exilu. Jedná se hlavně o osobní fondy a pozůstalosti, písemnosti spolků, občanských iniciativ, institucí, politických stran, exilových nakladatelství a samizdatových dílen, novinové výstřižky, plakáty, fotografie, filmy, videozáznamy a audiozáznamy. Knihovna ČSDS má rozsáhlé sbírky československého samizdatu a též exilové produkce. Archivní fondy a sbírky Muzea dělnického hnutí představují rozsáhlý osobní fond Julia a Gusty Fučíkových, bohaté dokumentační sbírky a registratury muzeí Klementa Gottwalda, Julia Fučíka a V. I. Lenina.
Základním způsobem zpřístupňování archivních fondů a sbírek je a bude studovna, kterou každoročně projde 220–265 badatelů, jimž je předloženo 1400–2500 kartonů a jednotlivin. Podporujeme i prezentaci archivních fondů formou výstav, tradiční je spolupráce s ostatními odděleními NM, kterým na výstavy zapůjčujeme archiválie k doplnění a ilustraci jejich materiálu. K prezentaci přispívá i spolupráce s VŠ, především s Katedrou PVH a AS FF UK.