Základy japonské sbírky Náprstkova muzea položil již Vojta Náprstek společně se svojí ženou Josefou. První předmět japonské provenience byl získán do muzea již v r. 1863. Pozoruhodné japonské přírůstky byly získávány především od obchodníků s uměním z Prahy, Vídně, Hamburku, Lipska a Brém. V tomto nejranějším období přispívali k obohacení sbírek také známí čeští umělci a spisovatelé, jako byl Julius Zeyer. Významnou skupinu přátel muzea tvořili též cestovatelé, jako byli Josef Kořenský či Enrique Stanko Vráz, kteří často sbírky muzea doplnili i o didaktický materiál nashromážděný během cest po dalekých krajích. Takovým sběratelem byl i Václav Stejskal (1851–1934), jenž část své sbírky muzeu daroval v roce 1888 a zbytek pak odkázal po své smrti. Joe Hloucha (1881–1957) byl český japanofil a spisovatel cestoval do Japonska celkem dvakrát, v r. 1906 a v r. 1926. Velká část Hlouchovy sbírky přešla v letech 1943 a 1955 do Náprstkova muzea a se svými téměř 8 000 položkami zahrnuje asi dvě pětiny japonské sbírky muzea (např. 4 000 ks grafik, 530 ks fotografií, 85 ks knoflíků necuke, 77 ks mečových záštit, více než 100 ks keramiky atd.).
Kolekce japonské grafiky je velmi obsáhlá, čítá přes 7 000 exponátů. Mezi výjimečné ukázky japonské grafiky patří portrét herce se jménem Bandó Hikosaburó od výjimečného malíře Tošúsaie Šarakua (činný 1794–95). Zajímavé jsou i příležitostné tisky surimono, z nichž několik patří k opravdu velmi cenným ukázkám japonské grafiky přelomu 18. a 19. století. Součástí grafické sbírky jsou i černobílé, ručně kolorované fotografie pořízené japonskými fotografy na konci 19. století a zakoupené Joe Hlouchou při jeho prvním pobytu v Japonsku (525 kusů). V japonské sbírce je zastoupena rovněž malba, celkem je zastoupena asi 700 díly velmi různorodé kvality. Patrně k nejstarší ukázce malby patří stojící postava Buddhy Amidy ze 14. století.
Dalším uceleným souborem je kolekce japonské keramiky, která celkem obsahuje asi 1600 exponátů. Z tohoto množství zaujme především asi sto exponátů pocházejících z porcelánových pecí v Aritě na ostrově Kjúšú, které spadají do období konce 17. až počátku 19. století. V Náprstkově muzeu objevíme asi 170 předmětů dekorovaných technikou cloissoné. Asi 400 exponátů tvoří malou, ale pěknou kolekci uměleckých lakových prací, kterou doplňuje stejný počet lakovaného nádobí denní potřeby. Ke sbírce laků patří i soubor krabiček na medikamenty a osobní razítko inró a knoflíky necuke.
Jiným výborně zastoupeným odvětvím japonského uměleckého řemesla je mečířství a mečové ozdoby. Sbírka mečů obsahuje asi 220 všech typů od nejstarších čepelí ze 13. a 14. století až po suvenýrové zboží konce 19. století. Za nejslavnější exempláře, které jsou signované, lze jmenovat čepele mečířů jako Tama Mijajuki nebo Izumi no kami Kanemicu, případně Bišú Osafune Tadamicu. K samurajské výbavě patří také zbroj, několik kompletů a přes 200 samostatných částí jako jsou přílby, rukávce, náholenice, chrániče stehen, obličejové masky a kyrysy.
V neposlední řadě je nutné k japonské kolekci přiřadit rovněž menší sbírku starších tradičních dřevěných hraček, více než 700 kusů japonského textilu a ucelenou sbírku typů japonských látek (1300) a asi 850 barvířských šablon katagami, na kterých můžeme obdivovat především dokonale propracovanou dobovou ornamentiku.